Kedua, differensiasi fungsional dalam sistem peradilan pidana menimbulkan persoalan.
"Konsep ini seharusnya mempertegas independensi, namun malah menimbulkan masalah seperti kewenangan penyidikan yang dimana Kejaksaan akan semakin super power, maka kejaksaan dianggap sebagaip engendali dalam penegakan hukum karena hanya kejaksaan yang dapat menentukan suatu kasus dapat diajukan ke pengadilan atau tidak super power,“ ujar AWK.
Ketiga, prapenuntutan tidak berjalan efektif dan menimbulkan ketidakpastian hukum. RKUHAP perlu mengevaluasi proses yang saat ini berjalan dan mengidentifikasi model koordinasi yang lebih baik.
Keempat, pemenuhan hak tersangka/terdakwa belum optimal. KUHAP menjamin hak tersangka/terdakwa, tapi dalam praktiknya tak dapat diakses secara optimal karena ketidaksetaraan posisi negara dengan tersangka/terdakwa.
Kelima, lanjut AWK lemahnya mekanisme akuntabilitas dalam penegakan hukum. Praperadilan memiliki kelemahanf undamental yang berpengaruh terhadap tergerusnya perlindungan hak dan kebebasan individu.
Keenam, pengaturan sistem pembuktian masih lemah. KUHAP memberikan kepercayaan lebih kepada penegak hukum untuk memperoleh bukti, tapi standar dan mekanisme kontrol pengumpulan dan pengujian bukti tidak diatur secara lengkap.
Sementara itu, Prof. Swardhana, mengingatkan bahwa masih ada pro dan kontra terkait pembaruan KUHAP. Pihak yang setuju, salah satunya Komisi III DPR RI yang menganggap revisi KUHAP dianggap kebutuhan mendesak agar sistem peradilan pidana lebih modern dan berorientasi pada keadilan. KUHAP yang berlaku sejak 1981 dirasa perlu pembaharuan.
