Dari dampak krisis Covid-19 ini, Mendagri melihat kemampuan negara dan daerah akan berkurang terutamanya dari sektor pendapatan. Berkurangnya pendapatan pusat pasti akan berpengaruh pada transfer ke daerah. Untuk itu pemerintah mengeluarkan sejumlah aturan untuk melakukan perubahan APBN dengan dikeluarkannya Perpu salah satunya Perubahan APBN yang mengarah kepada rasionalisasi berkurang. APBD juga akan mengalami tekanan, karena pengurangan transfer dari pusat maupun dari PAD di daerah yang akan berkurang.
Selaku pembina pemerintahan daerah, Mendagri sudah mengeluarkan Permendagri No. 20 tahun 2020 yang memberikan kewenangan kepada Kepala Daerah untuk melakukan realokasi dan refocus anggaran. Kemendagri juga telah mengeluarkan Intruksi Mendagri no. 1 tahun 2020 tentang Pencegahan Penyebaran dan Percepatan Penanganan Corona Virus Disease 2019 di Lingkungan Pemerintah Daerah. Ada beberapa penekanan yang disampaikan dalam Intruksi Mendagri ini yaitu melakukan percepatan penggunaan alokasi anggaran kegiatan tertentu (refocusing) dan perubahan alokasi anggaran untuk meningkatkan kapasitas yang difokuskan pada; penanganan kesehatan, penanganan dampak ekonomi dan penyediaan jaring pengamanan sosial/social safety net.
Refocusing dan perubahan alokasi anggaran dilakukan dalam jangka waktu paling lama 7 (tujuh) hari sejak dikeluarkannya Intruksi Menteri dan dilaporkan melalui hotline Ditjen Keuangan Daerah.
Sementara itu Kepala BPKP Muhammad Yusuf Ateh menjelaskan, dalam penanganan krisis Virus Corona, BPKP telah memberikan intruksi kepala perwakilan BPKP se-Indonesia agar secara proaktif bekerjasama dengan pemerintah daerah untuk memberikan pendampingan dalam melakukan realokasi dan refocusing kegiatan. Temasuk pendampingan dalam pengadaan barang dan jasa yang harus dilakukan secara cepat, tepat dan akuntabel. Ditambahkan, hasil pemantauan atas refocusing kegiatan dan realokasi APBD per 8 April 2020 pukul 07.00 Wib sebesar Rp. 19,8 triliun dari 459 kabupaten/kota (84,69%) dari 542 Pemda. Dialokasikan untuk jaring pengaman sosial sebesar Rp. 3,7 T, kesehatan Rp. 5,9 T, dukungan industri dan UMKM Rp. 306 M, pemulihan ekonomi Rp. 1,9 T dan lain-lainnya Rp. 4,2 T.
