Peristiwa bom Bali I dan II juga tak kalah menantang. AA Gde Agung mengaku sempat dipanggil Gubernur Bali Dewa Beratha, kala itu untuk membahas bagaimana upaya meminimalisir potensi konflik antar umat Hindu dan Islam sebagai dampak lanjutan.
Oknum wartawan nasional pun sempat menyodorkan pertanyaan soal potensi 'balas dendam' orang Bali (Hindu) dengan Islam. Namun ia dengan tegas memotong, bahwa peristiwa tersebut murni tindakan terorisme yang sama sekali tidak ada kaitannya dengan Islam. Terorisme bisa terjadi di mana-mana sebagai kejahatan murni dari kelompok tertentu.
Tak berhenti sampai di sana, seorang tokoh Muslim berpengaruh di Jakarta ternyata termakan informasi hoaks yang menyebut adanya sweping sejumlah masjid di Bali. AA Gde Agung bertindak cepat agar peristiwa tidak melebar. Ia segera mengirim dua tokoh Muslim Bali untuk meluruskan hoak tersebut ke Jakarta. Dan, akhirnya berhasil.
Lebih lanjut, menurutnya, keberadaan Muslim di Bali tidak lepas dari sejarah panjang zaman kerajaan. Umat Muslim sangat diperlukan oleh raja, khususnya dalam membuat persenjataan. Jejak sejarah ini bisa dilihat hingga sekarang di setiap puri di Bali.
"Yang menjadi spirit saya adalah pesan Bung Karno. Kalau Hindu, jangan jadi orang India. Kalau Muslim jangan jadi orang Arab, kalau Kristen jangan jadi Yahudi. Jadilah manusia Nusantara," tegasnya.
Berangkat dari pesan tersebut, mewanti-wanti ia berpesan agar LDII mampu mencegah paham-paham radikal yang berpotensi memecah belah Bangsa Indonesia.
Sebaliknya, ia ingin LDII Tabanan menggali paham-paham Nusantara yang mengandung nilai luhur. "Jadi tidak hanya barang impor yang harus kita kurangi, tapi paham impor juga harus disetop," pungkasnya.
